ステージストッパーとは、ステージを上に動かすときに、プレパラートが対物レンズとぶつからないように、止めるための機構です。ねじで最初に高さを合わせておけば、それ以上ステージがあがらないようにできます。標本と対物レンズの間に隙間を空けて設定することでプレパラートの破損を防ぎます。鏡筒上下動式の顕微鏡では鏡筒ストッパーが同じ役割をはたします。